新农合是让农民缴小钱、省大钱、看得起病的国家优惠政策。要能让广大农民受益，迫切需要多层次监督，加强对新型农村合作医疗的管理。这样可避免让一些歪嘴的乡村医生念歪了经，使医生处方提成、医药“马路”进货、注射克扣药物、收费乱加码加价等缺乏医德行为无处藏身。
　　一是加强医生接诊、检查、开处方、缴费取药、注射手术、住院观察、报销医疗费用的监督，这主要应由卫生主管部门进行监督。在医生的处方上应附加患者的病例简况、试验报告以及医生的诊断结果，以便医生开出对患者负责的药方。这样才更有利于医生清白诊治，患者明白就医，主管部门有效监督。
　　二是加强医药的进货途径的监督。乡镇卫生院的医药器械和各类药物的进货必须有县市级卫生主管部门配货，村级或社区卫生室的药品必须有乡镇卫生院配货，严防“马路”物流配货和其他“黑户”药品进入合作医疗机构，药检部门须不定期进院检查，对违规私自进药的卫生院或卫生室严格处罚，并撤销主要负责人公职，情节严重的移交司法机关法办，同时进行媒体曝光。
　　三是加强合作医疗费用报销的公开力度。除了及时张贴医疗费用报销明细账外，农村合作医疗主管部门应设立专门机构，对每一份病诊、处方、费用票据进行审核，对错误诊治、处方有问题和收费不合理的行为严肃处理。
　　四是政府参与监督。各级人大、政协每年都应组织卫生、药检、宣传等相关部门开展行风检查，走进医院，向部分患者发放《满意度调查表》，面对面听取患者对合作医疗的意见和建议，以更好地促进新型农村合作医疗的监督管理。